抗体测序是直接针对抗体蛋白进行从头测序，无需细胞株。2013 年BSI首创应用利用多酶解技术，高分辨率质谱和独特数据分析的抗体测序技术。目前，百蓁生物技术公司抗体测序标准程序结合了自上而下 和 自下而上的质谱技术，能够确保每一个氨基酸的正确性和全抗体的序列精度，包括N末端及C末端的修饰和N-连接的聚糖。

抗体测序（也称作抗体从头测序），是指应用质谱技术直接通过抗体样品来确定抗体氨基酸的序列，不需要该抗体的杂交瘤细胞系，是目前最简单，快速，直接的获得抗体序列的手段。这项技术的原理是通过测量串联质谱中两个片段离子之间的质量差异来确定蛋白质氨基酸残基的质量，以这种方式，我们就可以沿着蛋白质主链来确认每个氨基酸残基，从而得到整段氨基酸序列。

“清水出芙蓉，天然去雕饰。”我们能否利用未经修饰的天然碱基进行测序呢？在抗体技术的帮助下，这一想法成为了现实。作为一种新型的MPS测序体系，它借助未标记的RTs与四种荧光标记的、能与天然碱基特异性快速结合（30秒）的抗体的配合，得到了极为优异的表现。具体步骤如下：第一步，加入未标记可逆终止核苷酸；第二步，碱基互补配对完成后，加入荧光标记的，能与（上一步加入的）3'-阻断的核苷酸特异结合的抗体；第三步，洗脱多余的抗体，在基因测序仪上成像，进行碱基识别；第四步，洗脱抗体和3'-阻断基团，得到天然无疤痕的核苷酸，进入下一个循环